Giovanni, líder da Equipe Rocket, localiza Mewtwo em uma região isolada de Johto. Enquanto tenta recapturá‑lo, Ash e seus companheiros são sequestrados por Domino, novo integrante da equipe, que também busca resgatar Pikachu das mãos de Jessie e James. Os Pokémon Clone são capturados e servem como isca para Mewtwo. A trama se transforma em um confronto entre as convicções de Mewtwo e Giovanni, enquanto o monstro tenta entender seu propósito e o dos clones, apesar de serem criações científicas.
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