Um ano depois da Colônia 196, a guerra entre a Terra e suas colônias havia terminado. Heero, Duo, Trowa e Quatre se despedem de seus Gundams, lançando-os ao sol. Relena Darlian assume o cargo de vice‑ministra da Nação Unificada da Esfera da Terra.
Enquanto os pilotos de Gundam tentam se acostumar à paz na Terra, Relena é sequestrada e surge uma nova ameaça: Marimeia Khushrenada, filha do falecido ditador Treize Khushrenada e herdeira da Fundação Barton, lidera o movimento. Para complicar ainda mais a situação, Nataku Wufei, piloto de Gundam, apoia essa facção.
Os pilotos precisam recuperar seus trajes móveis e se lançar em batalha novamente antes que as forças de Marimeia consigam conquistar o mundo.
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