Este filme ocorre após o término da série Adventure. O início acontece quando um novo Ovo de Digimon é encontrado na internet e consegue penetrar em quase todos os sistemas de computador do Japão. Quando o ovo se choca, ele é identificado como um novo tipo de Digimon: um vírus. Ele sobrevive consumindo dados de vários sistemas e começa a causar problemas no Japão. À medida que consome cada vez mais dados, continua evoluindo. E Taichi e Koushiro decidem que é hora de parar com isso. Eles partiram, enviando Agumon e Tentomon pela internet para enfrentar esse novo inimigo. Mas, com o vírus controlando sistemas como o exército americano, muito cedo essa ameaça digital pode se tornar muito real. Chamando a ajuda de Yamato e Takeru, eles esperam poder parar o que já começou e talvez salvar este mundo uma segunda vez.
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