Quando o Yokosuka Girls' Marine High School recebe outras escolas de meninas marinhas para competições intercolegiais, a atmosfera fica agitada e cheia de entusiasmo. Alunos de diferentes anos se reúnem e trocam experiências enquanto os festivais e torneios começam. Ao mesmo tempo, emoções conflitantes surgem em Akeno Misaki, capitã da renomada classe Harekaze, e em sua oficial executiva Mashiro Munetani, quando o instrutor anuncia que Mashiro pode comandar a classe Hiei. Assim, Mashiro tem que tomar uma decisão difícil em curto prazo, enquanto Akeno deve lidar com a realidade do cenário. A dupla encara um novo obstáculo quando Yokosuka entra em outra crise: um bando de piratas sequestrou uma planta de purificação de água e uma fortaleza marítima, colocando em risco a segurança dos mares. Agora, Akeno e Mashiro precisam liderar a classe Harekaze diante dessa grave crise, ao mesmo tempo em que enfrentam seus próprios dilemas.
