Tenma Matsukaze chega como nova aluna na Escola Raimon Junior. Amante do futebol, ele decide integrar o time da escola, que conquistou fama após seu incrível desempenho há dez anos na Frontier Internacional de Futebol, torneio que reúne os melhores times jovens do mundo. Entretanto, a escola já não mantém mais o espírito esportivo que um dia teve. Isso se deve principalmente ao fato de que o futebol no Japão agora é controlado por uma organização sombria chamada “Quinto Setor”. Somente eles determinam o destino de cada partida, instruindo os times a vencer ou perder. As ações do Quinto Setor enfraqueceram as equipes nacionais, que já não sentem prazer em jogar. Tenma e seus companheiros buscarão mudar esse cenário e lutar contra esses opressores malignos. Felizmente, eles não estarão sozinhos nessa batalha, pois contarão com o apoio de um grupo chamado “A Resistência”. Aplaudam os garotos de Inazuma Eleven enquanto enfrentam a grande luta!
