Após o Torneio Santa Estrada, Inazuma Eleven Go: Chrono Stone se desenrola. O protagonista, Tenma Matsukaze, percorre o Japão ensinando futebol às crianças. Quando ele retorna à Escola Secundária Raimon depois de cumprir sua missão, descobre que a realidade mudou: o clube de futebol não existe mais e os ex‑tegrantes do time campeão no Holy Road Soccer Tournament não se lembram nem do torneio, nem de Tenma ou da paixão pelo jogo. Confuso, ele é confrontado por Alpha, líder dos agentes da Rota e capitão da equipe Protocolo Omega, que revela ter eliminado a chama do futebol em Raimon junto com as memórias dos jogadores; Tenma será o próximo alvo. Em meio a essa crise, Fei Rune surge justamente a tempo de salvá‑lo. Quem é esse misterioso Fei? Por que Alpha quer apagar o futebol para sempre? Tenma percebe que precisa usar tudo que tem para vencer. Essa batalha pode decidir o destino do futebol.
