No final do século 19, a era da restauração Meiji chegou ao Japão, marcando o fim dos tempos cruéis do período Bakumatsu. Com a guerra terminada, seu herói infame Hitokiri Battousai desapareceu no ar, deixando apenas sua lenda para trás.
Anos depois, um andarilho chamado Kenshin Himura encontra Kaoru Kamiya, o dono de um dojo em Tóquio. Kaoru está perseguiendo um auto-proclamado Battousai que anda pelas ruas, matando cidadãos e policiais indiscriminadamente.
O guerreiro afirma usar o estilo de espada Kamiya Kasshin-ryu, desenvolvido pelo pai de Kaoru, profundamente enraizado na essência da vida, não na morte. Kenshin decide ajudar Kaoru a derrubar o impostor e restaurar o dojo de seu pai.
Sem que os outros saibam, Kenshin é o verdadeiro guerreiro cujo nome ainda aterroriza o povo. Embora Kaoru eventualmente aprenda a verdade, seu juramento de expiar sua história assassina protegendo sem sangue os movimentos fracos dela, e ela acolhe Kenshin para ficar em seu dojo.
No entanto, os ideais de Kenshin logo são desafiados por fantasmas do passado e inimigos do presente.
