Depois de viver dias de paz no dojo Kamiya, Kenshin Himura se encontra em uma encruzilhada crucial: seu voto de nunca acabar uma vida é posto à prova final. Após o assassinato de seu ex-comandante, ele agora precisa refazer o caminho da violência e do sangue para derrotar Makoto Shishio, o prodígio assassino que se autoproclama sucessor do lendário Battousai.
Com ambições de derrubar o governo Meiji e estabelecer seu domínio em Kyoto, Shishio planejou meticulosamente por uma década, construindo uma formidável força militar anti-governo. Ele se voltou para recrutar Aoshi Shinomori, um assassino frio e o antigo líder dos lendários guerreiros do Grupo Oniwaban.
Enquanto Kenshin viaja por uma aldeia abandonada pelo governo e agora sob o punho de ferro dos capangas de Shishio, ele está determinado a evitar que o país volte à guerra civil. Ele se aliou com seu antigo rival, Hajime Saitou, forjando uma frágil parceria em uma batalha contra o império de Shishio que determinará o destino do Japão.
