Keroro é um alienígena que se assemelha a um sapo e foi enviado do seu planeta natal em uma missão para conquistar a Terra. Quando seu disfarce é descoberto, o batalhão abandona-o e ele acaba na casa da família Hinata. Lá, ele é forçado a fazer tarefas domésticas e dormir em um porão escuro que supostamente era uma cela assombrada pelo fantasma de uma garota inocente. Ele até passa o tempo livre montando kits Gundam. Durante sua estadia, Keroro encontra subordinados que também estavam presos durante a invasão falhada.
