Em A.G. 101, o centésimo primeiro ano do calendário da Geração Avançada, uma entidade misteriosa conhecida apenas como UE — ou Inimigo Desconhecido — ataca e destrói a colônia espacial Angel. O ataque brutal torna‑se infame como o Dia do Anjo Caído, marcando o início da guerra pela sobrevivência da humanidade.
A série começa em 108 A.G., quando a UE assola a colônia de Ovan, onde Flit Asuno vive com sua mãe. Ela é morta pelo inimigo e, entre os pertences deixados por ela num objeto chamado Dispositivo da Idade, Flit descobre as sementes de uma arma poderosa do passado: o antigo Messias, o Gundam. Com esse conhecimento, ele passa os anos seguintes estudando engenharia em uma base da Federação Terrestre na colônia Nora e projetando o AGE‑1 Gundam. Sete anos depois, em 115 A.G., Flit termina a construção do Gundam, enquanto a UE volta a atacar Nora. Assim começa a batalha de Flit e sua linhagem, pilotando o AGE‑1 para proteger a humanidade.
