No ano da Era Cósmica 0071, um conflito entre dois trajes móveis provoca a destruição de um país neutro. Shinn Asuka descobre que toda a sua família foi morta nas hostilidades e jura dedicar sua vida à vingança contra quem causou tal perda. Ele avança na hierarquia militar da ZAFT, até conquistar o cockpit do protótipo Impulse. Athrun Zala, veterano da última guerra que serviu ao diplomata Cagalli Yula Athha, se vê envolvido num novo embate entre os Naturais e os Coordenadores — humanos aprimorados geneticamente antes do nascimento, alvo de hostilidade dos Naturais por suas vantagens biológicas. À medida que a nova guerra se desenrola e a violência parece inevitável, Athrun assume o papel de mentor de Shinn, um piloto amargurado. Ele precisa guiá‑lo para uma postura mais compassiva antes que a fúria e o desejo de vingança o consumam.
