A trama se desenrola na mesma guerra de um ano em UC 0079 que marcou a primeira série de anime de terno móvel Gundam. Ela acompanha as confrontações entre dois pilotos de elite, um do Principado de Zeon e outro da Federação da Terra, no Setor Thunderbolt – uma região repleta de destroços de colônias espaciais e navios de guerra.
