Depois que seu pai foi assassinado, Ryuuko Matoi vagueia pela cidade à procura do culpado. Seguindo a única pista que lhe resta – o fragmento perdido da sua invenção, a Lâmina da Tesoura – ela chega à renomada Academia Honnouji, uma escola secundária que se destaca de todas as outras. A instituição é dirigida pela imponente e fria presidente Satsuki Kiryuuin, acompanhada pelos temidos Quatro Elite. Na hierarquia feroz da academia, Satsuki concede aos mais altos rangos o chamado “Uniformes Goku”, que concedem habilidades sobre-humanas únicas ao usuário.
Após ser brutalmente espancada em uma luta contra um estudante vestindo o uniforme, Ryuuko recua para sua casa destruída. Lá, ela tropeça em Senketsu, um raro e senciente “Kamui” – ou Deus-Roupas. Ao entrar em contato com o sangue de Ryuuko, Senketsu desperta, prende-se a ela e lhe confere imenso poder.
Agora armada com Senketsu e a Lâmina da Tesoura, Ryuuko se posiciona contra os Quatro Elite, determinada a chegar até Satsuki e descobrir quem realmente matou seu pai de uma vez por todas.
