Mio é uma estudante do ensino médio que gosta de relaxar, deixa de fazer os deveres e não tem muito afinidade com a disciplina. Ela, junto com o amigo de infância Arata e a melhor amiga Madoka, costuma passar os dias após a escola explorando Ikebukuro. Um dia, porém, Madoka confessa a Mio que está apaixonada por Arata, e Mio percebe que também sente algo forte por ele. Mas teme que a relação do trio se desfaça, então finge estar disposta a ajudar, embora não saiba como agir; decide tratar Arata de forma fria, provocando uma briga entre eles. Logo entende que tudo isso era apenas fuga dos sentimentos e resolve confrontar Arata para esclarecer as coisas. Ela tenta encontrá‑lo na chuva, mas sofre um acidente automobilístico.
Ao despertar, Mio se vê em um mundo misterioso: trens deslizam sobre a água enquanto belas baleias nadam ao lado. É um cenário que ela nunca havia visto antes. Quando seu trem chega à estação e ela passa pelas catracas, acaba no Ikebukuro que conhece tão bem! Contudo, algo está diferente.
Enquanto vaga nervosamente pela cidade, encontra GiMON, que se apresenta como o guia desse mundo. Ele diz que Mio está na Fronteira Mundial e tenta fazê‑la abrir uma porta que, segundo ele, a levará ao qualquer universo que ela deseje visitar.
Uma garota enigmática chamada Kiku interrompe a conversa e explica que a saída real da Fronteira Mundial é um lugar chamado Counter de Coisas Esquecidas. Quando Mio chegar lá, terá que compartilhar com o contador uma memória perdida e seu forte desejo de voltar para casa.
Juntando‑se a GiMON e à Kiku, ela localiza o contador de coisas esquecidas, mas por algum motivo não consegue identificar qual é sua memória preciosa. Ao não conseguir responder, os dois desaparecem.
Deixada sozinha em um Ikebukuro vazio, Mio se vê forçada a buscar a coisa perdida que guarda em uma cidade agora transbordando de memórias...
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