Takashi Natsume continua a sua jornada, um garoto capaz de ver vocêkai. Ao lado do seu fiel companheiro Madara, conhecido como Nyanko-sensei, ele segue em busca de libertar Youkai das suas dívidas no "Livro dos Amigos". Com o tempo, Natsume aprende a aceitar sua habilidade e não mais vê ela como uma maldição. Enquanto passa cada vez mais tempo com seus amigos humanos e vocêkai, ele começa a perceber o quanto eles significam para ele e decide que pode ser feliz sem escolher entre os mundos dos espíritos e da vida humana.
