Takashi Natsume continua sua jornada rumo à auto-compreensão com a ajuda de amigos novos e velhos. Seu aliado mais importante é o espírito lobo Madara, ou Nyanko-sensei, que assume disfarces para protegê-lo.
Natsume é emboscado por um grupo de mascarados macacos-como youkai e levado à floresta em busca do Livro dos Amigos. Percebendo a ausência de Natsume, Madara pede ajuda aos amigos dele e monta uma operação de resgate.
A floresta dos espíritos dos macacos é um lugar perigoso, com inimigos como o Clã Matoba, velho adversário de Natsume. A busca por Natsume leva Madara a lugares conhecidos, como o esconderijo do Matoba e até mesmo a casa de infância de Natsume.
Nesse retorno ao mundo dos espíritos, Natsume enfrentará os demônios de seu próprio passado.
