No futuro não muito distante, a humanidade atingiu um ponto em que transplantes corporais completos de carne para máquina são viáveis. Essa tecnologia amplia enormemente as capacidades físicas e cibernéticas dos indivíduos, borrando os limites entre o biológico e o mecânico. Contudo, criminosos também exploram essa inovação, gerando crimes cada vez mais perigosos. Para combater essas ameaças, o governo japonês criou a Seção 9, uma unidade policial independente especializada em delitos desse tipo. Sob a liderança de Daisuke Aramaki e Motoko Kusanagi, a equipe enfrenta esses casos em todo espectro social, com grande sucesso. Entretanto, quando surge um hacker nível A conhecido como “O Homem Rindo”, o time se vê envolvido num jogo mortal de gato e rato, seguindo as pistas do invasor enquanto ele deixa sua marca pelo Japão.
