Nos últimos três anos, a Escola Secundária Teikou domina o cenário nacional de basquete com sua lendária formação: a Geração dos Milagres. A equipe é composta por cinco prodígios que se destacam no esporte, mas um Sexto Homem Fantasma espreita nas sombras e ajuda a conquistar o status reverenciado da equipe. Eventualmente, seu crescimento monstruoso faz com que eles deixem de lado o esporte que amavam e sigam caminhos separados na fase do ensino médio.
Em busca de novos talentos, o time de basquete da Seirin High School recruta Taiga Kagami e Tetsuya Kuroko, dois calouros que apresentam diferenças marcantes nas habilidades. Após retornar recentemente da América, Kagami possui uma aptidão natural e um amor implacável pelo esporte. Enquanto isso, Kuroko parece não ter presença e não demonstra talento atlético. Contudo, mais tarde é revelado que ele é o Sexto Homem Fantasma de Teikou – jogador que já fazia parte da Geração dos Milagres.
Kuroko deseja provar à equipe Seirin que é forte à sua maneira. Vendo essa convicção, Kagami forma uma parceria dinâmica com Kuroko, prometendo apoiar a “luz” de Kagami como sua “sombra”. Ao lado de seus novos companheiros de equipe Seirin, eles pretendem conquistar o próximo campeonato Interhigh, mas o retorno dos antigos colegas de Kuroko complica seu plano.
