Rinne Rokudou não tem apenas a tarefa de ir à escola; ele precisa ajudar espíritos a avançar para o próximo plano. Por causa dessa missão, ele costuma ficar sem dinheiro e luta para comprar comida, roupas e os instrumentos de exorcismo que precisa. Desde pequena, Sakura Mamiya já conseguia enxergar fantasmas. Ela esperava ter superado isso, mas mesmo entrando no ensino médio nada mudou. Quando Rinne aparece pela primeira vez na escola, apenas ela consegue vê‑lo; a princípio, ela pensa que ele é um fantasma como qualquer outra pessoa. Para surpresa dela, no dia seguinte Rinne começa a frequentar a escola normalmente. Kyoukai no Rinne acompanha a trajetória de Sakura enquanto ela descobre a verdadeira natureza de Rinne e o mundo sobrenatural escondido.
