Em um futuro distante, os humanos abandonam uma Terra devastada e partem em busca do espaço. Contudo, um fenômeno desconhecido impede a viagem, forçando a humanidade a retornar ao planeta apenas para descobrir que ele está inóspito, exceto pelo Japão. Para acomodar toda a população, criaram dimensões de bolso ao redor desse país, onde são abrigados os habitantes. Em busca de uma forma de voltar ao espaço sideral, os humanos começaram a reencenar a história humana conforme o Livro Sagrado Testamento. No ano 1413 da Era do Testamento, as nações das dimensões de bolso invadem e conquistam o Japão, dividindo o território em feudos feudais e forçando os japoneses originais a se deslocarem. Hoje é o ano 1648 da Era do Testamento: os refugiados vivem no navio‑cidade Musashi, que navega continuamente ao redor do Japão sob vigilância da União do Testamento, autoridade responsável pela reencenação histórica. Rumores de apocalipse e guerra começam a circular quando o Testamento deixa de revelar eventos posteriores a 1648. Aproveitando essa situação, Toori Aoi, chefe da Suprema Federação da Academia Musashi Ariadust e presidente do conselho estudantil, convoca seus colegas para usar a oportunidade e recuperar sua terra natal.
