Em Prester, a aviação domina as rotas graças ao Claudia Fluid, uma forma líquida dos cristais produzidos no planeta. A única entidade com controle total sobre os céus é a Guilda, que detém monopólio dos motores que utilizam esse fluido. Com os desastres ecológicos abalando Anatoray e Disith, a Guilda também atua como árbitro nas rivalidades entre as duas nações em guerra.
Entre eles, os Correios Sky operam pequenas vans de duas pessoas, voando livremente pelo ar. A trama do Último Exílio acompanha dois jovens que desejam superar seus pais: Claus Valca, filho de um renomado piloto de vanship, e seu melhor amigo Lavie Head, navegador dedicado. Como mensageiros, eles precisam atravessar o Grande Fluxo—uma corrente de ar que separa as nações inimigas, onde até mesmo naves comuns lutam para sobreviver. Quando aceitam uma missão de alto risco: entregar a órfã Alvis Hamilton ao navio de guerra Silvana, são envolvidos em um conflito ainda maior, enfrentando o poder da Guilda.