O Inspetor Zenigata foi retirado do caso de Lupin, deixando‑se desanimado; acaba tomando um drink com Lupin e Jigen. Decidido a resolver seu novo caso, Lupin convoca sua gangue — Jigen, Goemon e Fujiko — para colaborar com Zenigata na investigação de um grupo de traficantes de armas chamado Shot Shell. O trio, junto ao inspetor, consegue roubar um submarino russo. Para operar o sub e proteger a cientista Karen Korinsky dos Shot Shell, eles a sequestram. Enquanto isso, o IPO designa Keith Hayden como responsável pelo caso Lupin; diferente de Zenigata, ele quer que Lupin e sua equipe sejam mortos. Onde quer que os ladrões se escondam, Keith os segue, enquanto o oficial tenta capturá‑los um por um.
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