Com a tecnologia do professor Yuuko Kouzuki e os poderes psíquicos de Kasumi Yashiro, o cadete Takeru Shirogane consegue retornar ao seu mundo original. Sem perder tempo, ele busca a ajuda de Yuuko para concluir o Projeto Alternativo IV, última esperança da humanidade contra o BETA, raça alienígena invasora do planeta. Enquanto o projeto anti‑BETA se aproxima da conclusão, Takeru e outros cadetes são formados na Academia de Treinamento Piloto de Yokohama. No entanto, durante um teste do novo sistema operacional dos caças de superfície tática – os enormes trajes de combate usados contra os BETA – a equipe de Takeru é emboscada pelos invasores. Ele escapa por pouco e fica traumatizado ao presenciar a morte cruel de um amigo próximo. Perdendo a vontade de lutar, Takeru foge para outro mundo, onde vive uma tragédia semelhante. Segundo a teoria de Yuuko, pessoas de universos paralelos enfrentam o mesmo destino; portanto, Takeru precisa superar seu trauma se quiser proteger quem ama.
