No ano 2020, a tecnologia está em toda parte do planeta. Cada dispositivo digital ao redor do mundo está conectado por uma rede singular onde os dados viajam sem parar. Sem o conhecimento dos humanos, essa rede se tornou o lar de formas de vida conhecidas como "Digimon". A quinta série de Taichi Yagami está se preparando para o acampamento de verão quando inusitadas ocorrências começam a acontecer em Tóquio. Certos sistemas eletrônicos começaram a dar errado, e Taichi logo descobre que sua irmã e mãe estão presas em um trem imparável. Ele corre para a estação mais próxima, desesperado por encontrar uma solução.
De repente, Taichi é transportado para outro mundo onde encontra uma criatura estranha chamada Agumon. A essa altura, ele ainda não sabe como isso aconteceu, mas logo descobre que Agumon já sabe seu nome. Além disso, Taichi recebe um dispositivo estranho chamado "Digivice", que lhe permite se comunicar com o mundo não digitalizado. Ele logo percebe que está na "Rede" e que os Digimon estão atacando as áreas que mantêm os sistemas eletrônicos de Tóquio. Cabe a Taichi, agora acompanhado por seu novo parceiro Agumon, parar esses ataques cibernéticos antes que o mundo inteiro seja ameaçado pelas ações dos Digimon travessos.
