Ren Amamiya, recém‑transferido da Academia Shujin, vai para Tóquio morar com Sojiro Sakura, seu amigo de família, após ser colocado em liberdade condicional por defender uma mulher contra agressão sexual. No caminho do primeiro dia na nova escola, Ren descobre que um aplicativo estranho apareceu no celular e o transporta para o Metaverso, onde existem as “sombras” das pessoas: versões distorcidas do seu verdadeiro eu. Lá, ele desperta sua Persona, um poder interior que lhe concede força para enfrentar as sombras. Juntamente com outros estudantes igualmente perturbados, ele forma os Fantasmas Ladrões de Corações, tentando salvar as pessoas dos desejos pecaminosos ao “tomar” seus corações, fazendo os malfeitores se arrependerem e virar uma nova página. A reputação do grupo cresce de forma explosiva, trazendo fama tanto positiva quanto negativa. Contudo, no auge da popularidade, Ren é capturado e levado à custódia. Ele acorda para um interrogatório intenso, que é interrompido pela chegada de Sae Niijima, promotora em busca de respostas. Como ela reagirá ao seu relato, e o que acontecerá com os Ladrões Fantasma?