Continuando sua viagem pela região de Johto, Satoshi e seus companheiros chegam à ilha Altomare, onde acontece o tradicional torneio de corrida aquática, o Pokémon Water Race. Enquanto Takeshi e Kasumi se divertem na pista, algo estranho acontece com Satoshi: ele perde a corrida, presencia mulheres atacando uma garota com seu Pokémon e, mesmo salvando-a, a jovem insiste em dizer que nunca havia visto Satoshi nem Pikachu antes.
A confusão resolve quando ele percebe que a garota que protegeu era, na verdade, Latias – um Pokémon que costuma se disfarçar de Kanon, sua amiga humana. Junto com seu irmão Latios, Latias é conhecido como o Eon Pokémon e protege Altomare junto com uma esfera azul mística chamada Soul Dew. A lenda da ilha está fortemente ligada ao Eon Pokémon e à Soul Dew, sendo bem conhecida pelos moradores e pelas irmãs ladras Zanner e Lyon, que já tentaram roubar Latias no passado. Quando os assaltantes buscam capturar o Eon Pokémon e a esfera, Satoshi precisa intervir para evitar um desastre em Altomare.
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