Satoshi e Pikachu chegam à cidade de Lumiose, na renomada região de Kalos, para capturar novos Pokémon e seguir em busca do título de melhor treinador. Enquanto isso, o brilhante inventor Citron e sua irmãzinha Eureka passeiam pela mesma cidade quando cruzam com Satoshi; rapidamente os desafia para uma batalha. Logo depois, ambos se veem envolvidos num perigo inesperado: a Equipe Rocket, perseguindo Satoshi em Kalos, provoca que um Gabúrias enfureça a cidade. Muito longe, na tranquila Vila Vaniville, Serena trabalha no treino diário de um Sihorn, como solicitado por sua mãe, uma piloto profissional desse Pokémon. Após o exercício, ela assiste aos eventos de Miare City pela televisão e reconhece lá um garoto da infância; essa lembrança deixa uma marca profunda em seu coração, despertando nela a vontade de reencontrá‑lo. Assim, Serena parte rumo à cidade de Miare, determinada a localizar esse menino do passado. Pokémon XY acompanha o trio enquanto viajam por Kalos para alcançar suas aspirações: Satoshi enfrentando academias Pokémon, Citron aprendendo com ele e Serena buscando seu próprio sonho. Ao longo da jornada, eles fazem novos amigos, confrontam rivais inéditos, continuam frustrando os planos da Equipe Rocket e descobrem detalhes sobre o mistério das mega‑evoluções.
