Um ano após os acontecimentos no Santuário, Subaru Natsuki intensifica seu treinamento em preparação para as próximas provações.
A tranquilidade se rompe quando Emilia recebe um convite de Anastasia Hoshin, rival na seleção real, para um encontro na Cidade de Watergate, em Priesterella. Diante da importância do evento e dos riscos que a jovem pode enfrentar, Subaru e seus companheiros decidem acompanhá-la.
Entretanto, ao retomar contato com antigos aliados e amigos em Priesterella, surgem novos adversários formidáveis. Motivados por ideais fanáticos e métodos cruéis para conquistar suas metas, esses inimigos atacam Emilia e ameaçam a própria cidade.
Reunindo seus parceiros, Subaru precisa dar tudo de si mais uma vez para impedir que os planos sombrios se concretizem.
