Em 1983, a Guerra Fria ainda domina o cenário mundial e a humanidade está sob ataque. Extraterrestres conhecidos como BETA pousam na Terra e aniquilam toda forma de vida. Os soldados são encarregados de pilotar enormes trajes de combate chamados Tático Surface Fighters (TSF) para repelir os invasores, mas a linha de frente vai sendo lentamente empurrada de volta às cidades que restam.
Schwarzesmarken narra a trajetória de Theodor Eberbach e dos demais integrantes do 666.º Esquadrão TSF Schwarzesmarken – as Marcas Negras – uma unidade implacável que prioriza a conclusão da missão acima da vida humana. Estabelecido na Alemanha Oriental, ao longo da fronteira Oder-Neisse, o esquadrão é comandado pelo herói de guerra Capitão Irisdina Bernhard e especializado em contra‑ataques contra a classe laser BETA.
Contudo, o 666.º Esquadrão enfrenta mais inimigos do que apenas os alienígenas quando a otimista novata Katia Waldheim se junta à tropa, chamando a atenção da polícia secreta da Alemanha Oriental – a Stasi.
