Seguindo os acontecimentos da última temporada (Shakugan no Shana II), Shana e Kazumi permanecem em seus respectivos lugares aguardando que Yuji se encontre com um deles, só para perceber que ele sumiu sem deixar qualquer vestígio. Contudo, nem tudo está perdido: as cartas que ambos lhe enviaram ainda mantêm viva a esperança de que Yuji esteja vivo. Enquanto Shana e sua equipe buscam respostas sobre o paradeiro dele, descobrem a verdade quando Yuji reaparece diante deles como líder da Bal Masqué. Sem outra opção, Shana precisa agora enfrentar seu adversário mais inesperado em um desafio ainda maior.
