Dois anos se passaram desde o ataque do CCG a Anteiku. Embora a atmosfera de Tóquio tenha mudado drasticamente com o aumento da influência do CCG, os ghouls continuam gerando problemas enquanto começam a ficar mais cautelosos, sobretudo a organização terrorista Aogiri Tree, que percebe a crescente ameaça do CCG à sua própria existência. A criação de uma equipe especial, chamada Esquadrão Quinx, pode dar ao CCG o impulso necessário para eliminar os residentes indesejados da cidade. Esses humanos passaram por cirurgias para adquirir as habilidades especiais dos ghouls e participam das operações de erradicação das criaturas perigosas. O líder desse grupo é Haise Sasaki, meio-ghoul, meio-humano treinado pelo renomado investigador de classe especial Kishou Arima. Contudo, há mais em seu interior do que aparenta: memórias desconhecidas arranham sua mente, lembrando‑o lentamente da pessoa que costumava ser.
