Em 2199, a raça humana está à beira do fim após sua guerra contra os Gamilos, sendo forçada a viver em cidades subterrâneas pelo ataque do invasor. Cientistas estimam que só resta um ano de vida para o planeta. Os jovens oficiais Susumu Kodai e Daisuke Shima recebem uma cápsula enigmática de uma nave que pousou de emergência em Marte e voltou à Terra. Dentro dela, a última esperança da humanidade: Iscandar, localizado no outro lado da Galáxia de Magalhães, detém tecnologia capaz de derrotar os Gamilos e restaurar o planeta. A missão recai sobre a nave de guerra Yamato, mas o prazo é apertado—apenas um ano antes que a humanidade desapareça.
