Os invasores alienígenas tomam posse do Grande Mazinger que estava na entrada de um museu ao lado do Mazinger Z, ambos usados como símbolos de paz. Grendizer enfrenta os malvados e recupera o Grande Mazinger. Quando o Império Vegan envia um novo general para supervisionar a conquista da Terra, ele rapidamente captura Koji Kabuto e, por meio de interrogatório, aprende sobre o Grande Mazinger, comandando‑o desde o museu onde estava guardado como símbolo de paz. Agora cabe ao Duke Fleed, a bordo do Grendizer, impedir que o antigo defensor da humanidade se transforme em seu destruidor.
