De volta à aldeia de Konoha, os jovens ninjas estão celebrando a derrota de uma suposta célula da Akatsuki. No entanto, Naruto e Sakura pensam diferente. O primeiro sente ciúmes das famílias felizes dos seus amigos e deseja ter sua própria família. Já Sakura está irritada com os pais engraçados dela e queria não ter pai nenhum. Os dois discutem por causa de suas opiniões diferentes, mas logo enfrentam um problema mais urgente quando o mascarado Madara Uchiha aparece do nada e os transporta para outro mundo.
Neste mundo alternativo, os pais de Sakura são considerados heróis porque deram suas vidas para proteger Konoha da Raposa de Nove Caudas há dez anos. Como resultado, os pais de Naruto estão vivos e bem. Sem poder voltar para casa ou encontrar o mascarado Madara, Naruto e Sakura ficam presos nesse novo mundo e aproveitam as mudanças que sempre desejaram. Tudo parece bem para os dois ninjas até que uma ameaça inesperada surge e faz com que eles não apenas lutem pela Konoha do mundo alternativo, mas também procurem um jeito de voltar ao seu próprio.