Quando o estudante Kazuki Muto é morto salvando uma garota enigmática de um monstro, ele acorda em seu dormitório acreditando ter sonhado tudo. Logo percebe que não era sonho quando um enorme serpente ataca ele e sua irmã. Tokiko Tsumura, a menina que ele resgatou, revela que o monstro é um homúnculo. Kazuki havia sido atacado e morto por ele enquanto tentava salvá-la. Sentindo-se responsável, ela revive-o colocando um medalhão Kakugane no peito, funcionando como coração substituto. O Kakugane, explica Tokiko, é um dispositivo alquímico que, ao ser ativado, assume a forma do usuário, criando um único Buso Renkin. Esse Buso Renkin é a única arma capaz de destruir homúnculos. Com isso, Kazuki forja seu próprio Buso Renkin – o “Coração Solar”, uma lança colossal. Juntando-se a Tokiko e ao seu Buso Renkin “Valkyrie Skirt”, uma foice de execução, ele entra na batalha contra os homúnculos e seu mestre.
