Já se passaram dois anos e meio desde que Naruto Uzumaki deixou a Vila da Folha Oculta para um treinamento intenso após os eventos que alimentaram seu desejo de ser mais forte. Agora, a Akatsuki, uma organização de ninjas renegados de elite, está se aproximando do grande plano que pode ameaçar a segurança de todo o mundo shinobi.
Embora Naruto seja mais velho e sinistros eventos estejam no horizonte, ele mudou pouco em personalidade: ainda é agitado e infantil. No entanto, agora ele é muito mais confiante e tem uma determinação maior para proteger seus amigos e seu lar. Aconteça o que acontecer, Naruto continuará lutando pelo que é importante para ele, mesmo às custas do próprio corpo, na continuação da saga sobre o garoto que deseja se tornar Hokage.