Capitão Tsubasa narra a trajetória apaixonada de um aluno do ensino fundamental cujo pensamento e sonho giram quase que totalmente em torno do amor pelo futebol. Tsubasa Ozora, com 11 anos, começou a jogar muito cedo; enquanto para os amigos era apenas um esporte recreativo, para ele se transformou numa obsessão. Para perseguir seu sonho ao máximo na escola primária, Tsubasa mudou-se junto à mãe para Nankatsu, cidade famosa pelos excelentes times de futebol das escolas primárias. No entanto, embora fosse facilmente o melhor em sua antiga cidade, Nankatsu traz concorrência ainda maior e ele precisará usar toda a sua habilidade e talento para se destacar entre essa nova multidão.
Lá, além dos rivais, Tsubasa faz novos amigos como a bela Sanae Nakazawa e o habilidoso goleiro Genzo Wakabayashi, que compartilham da mesma paixão; esses companheiros provarão ser valiosos na jornada rumo aos sonhos de Tsubasa. Representar o Japão na Copa do Mundo FIFA é seu objetivo final, mas será necessário muito mais que talento para alcançá-lo.
