A Escola Secundária Koudo Ikusei é uma instituição de ensino que parece ser um verdadeiro paraíso. Os estudantes gozam de liberdade sem precedentes, e a escola é altamente classificada no Japão. Mas, por trás dessa fachada perfeita, esconde-se uma realidade bem diferente.
Quatro classes são criadas dentro da escola, classificadas das melhores às piores: A, B, C e D. As turmas de melhor classificação recebem tratamento de favores, enquanto as de pior classificação enfrentam os problemas mais graves da instituição. Kiyotaka Ayanokouji é um dos alunos da Classe D, que é considerada a pior delas.
Lá, ele conhece Suzune Horikita, uma estudante antissocial que acredita ter sido colocada na Classe D por engano e deseja subir para a turma de melhor classificação. Além disso, está também Kikyou Kushida, que parece ser muito amigável, mas cujo objetivo é fazer o maior número possível de amigos.
Embora a filiação à classe seja permanente, as classificações das classes não são; os alunos podem subir no ranking se tiverem notas melhores do que os da turma de melhor classificação. E, na Classe D, não há barreiras sobre quais métodos podem ser usados para progredir.
Nessa escola implacável, será que eles conseguirão vencer as probabilidades e chegar ao topo?