Esta temporada segue diretamente o Zero Duel Masters, mantendo o mesmo cenário alternativo, trama e elenco de personagens. A única alteração em relação à primeira série foi a transição da animação tradicional 2D para 3DCGI. Ela se desenrola após o duelo entre Shobu e Hakuoh, revelando que tanto Hakuoh quanto Jura estavam colaborando com o principal vilão, Professor March, que busca dominar todas as criaturas ao conquistar cada Duel Orb.
