No Período Sengoku, Rantarou, Kirimaru e Shinbei são três jovens estudantes da Escola de Ninjutsu, um lugar onde todos os tipos de garotos aprendem a se tornar ninjas. Eles são conhecidos como "Nintamas", uma mistura de ninja e tama. O trio principal e muitos outros alunos da escola precisam aprender habilidades únicas para alcançar seus objetivos. Infelizmente, as coisas não são tão fáceis, pois nossos protagonistas sempre se encontram falhando em suas aulas.
Com professores ninjas como Doi-sensei e Yamada-sensei, as travessuras da turma Kunoichi, uma tripulação de piratas e muitos outros personagens interessantes, tudo pode acontecer no mundo louco dos Nintamas. Cada episódio tem 7 minutos e 30 segundos. Atualmente há 29 temporadas, cada uma com entre 60 a 90 episódios.
