Kyou Sogoru, estudante de ensino médio e ávido nadador na pitoresca cidade de Maihama, passa os dias com amigos jogando videogame e se aventurando nas águas da escola. Tudo muda quando uma misteriosa e bela garota chamada Shizuno Misaki surge em sua vida com um pedido inusitado: saltar juntos para a piscina. O salto fatal o transporta para um mundo devastado por guerras, onde humanos pilotam gigantescos robôs humanoides chamados Zegas para combater os maliciosos alienígenas Gards-Orm. Para organizar a resistência, os humanos criaram a Cerebrum, uma facção rebelde que luta para impedir que os Gards-Orm extermine a humanidade. Enquanto Kyou participa de operações de combate, conhece outros pilotos Zega e presencia inúmeras mortes, ele começa a questionar a verdadeira natureza desse universo e o sentido da própria existência.
