A guerra parece ter um pouco mais de esperança agora que o Exército de Libertação Altana saiu temporariamente do Distrito Kabuki. Mas, enquanto Oniwaban e Shinsengumi lutam contra os últimos remanescentes do inimigo, Gengai Hiraga é sequestrado.
O inventor mais brilhante de Edo está em risco de perder sua vida. O vírus que ele criou para desativar as armas dos inimigos agora corre perigo de ser apagado. Enquanto isso, um laser capaz de destruir um planeta foi ativado na órbita da Terra a bordo da nave-mãe do Exército de Libertação.
Shinsuke Takasugi e o resto dos Kiheitai chegam à nave para tentar impedir que a arma seja disparada. E, enquanto isso, Yorozuya e seus aliados estão forçados a lutar em duas frentes ao mesmo tempo. Precisam vencer em ambos os lados se quiserem salvar Edo e o resto do mundo.
