Após a batalha feroz em Rakuyou, finalmente são reveladas as origens inimagináveis do líder imortal Naraku, Utsuro. Ao corromper as reservas de Altana de vários planetas, Utsuro desencadeia com sucesso a intervenção do maior inimigo dos Tendoshuu: o Exército de Libertação de Altana. Com a Terra como principal campo de batalha nesta guerra interplanetária, o plano mestre de Utsuro para destruir o planeta - e a si mesmo - está quase completo.
Um ataque ao Terminal Central O-Edo marca o início da batalha final para retomar a terra dos samurais. Com o Yorozuya em nenhum lugar à vista, o bakufu está prestes a desmoronar e o Shogun desaparecido, deixando o povo completamente indefeso enquanto o Exército de Libertação começa a pilhar Edo em nome de libertá-los do governo dos Tendoshuu.
Preso no fogo cruzado entre duas forças igualmente imponentes, Gintoki, Kagura, Shinpachi e os ex-alunos de Shouyou Yoshida precisam deixar de lado suas diferenças e unir seus aliados para proteger o que eles amam.
