O universo dos Duelistas está avançando mais uma vez com a criação da rede Link Vrains e do novo método de invocação, chamado Link Invocation. Nesse ciberespaço, os duelistas podem criar seus próprios avatares e trilhar um caminho rumo à glória dentro de uma realidade virtual. Contudo, assim como no mundo real, o digital não está livre de guerras, conflitos e mistérios.
Há anos, a organização hacker Cavaleiros de Hanói atacou o Link Vrains. Liderados por um anônimo chamado Revolver, eles buscavam eliminar o programa de inteligência artificial Cyberse. Quando a tentativa falhou, Ignis escapou e escondeu o Cyberse em algum canto da rede.
Cinco anos depois, o estudante Yuusaku Fujiki encontra um estranho programa de IA enquanto duelava no Link Vrains. Usando seu avatar Playmaker, ele e Shouichi Kusanagi se unem àquela entidade misteriosa. Enquanto Yuusaku procura desvendar a verdade por trás daquele episódio enigmático do passado, ele enfrenta os Cavaleiros de Hanói e a SOL Technologies em uma corrida que pode mudar o destino do mundo.
