Nagisa Misumi e Honoka Yukishiro são estudantes do ensino médio que exemplificam a diferença entre si. Enquanto Nagisa brilha na escola como o jogador de lacrosse, Honoka se destaca como a rainha da inteligência. Apesar das aparentes divergências, as duas assumem vidas duplas como emissárias da luz: curam o preto e curam o branco das Pretty Cure. Com a ajuda de duas fadas, Mipple e Mepple, elas enfrentam a Zona Dotsuku, uma força maligna que invadiu o Jardim da Luz. Para impedir que a Zona Dotsuku conquiste também o Jardim dos Arco‑Íris, o duo precisa unir esforços para localizar sete Pedras Prismas e restaurar o Prism Hopish, expulsando as forças malignas. Enfrentando inimigos poderosos ao longo do caminho, Nagisa e Honoka aprendem a cooperar e usar seus novos poderes para salvar os mundos da ruína.
