Projeto para celebrar o 150.º aniversário da cidade de Yokohama. No Planeta Abel, humanos e robôs convivem lado a lado. Um dia, um misterioso clandestino em uma nave de transporte tenta invadir o planeta, mas é descoberto por Apollo (Hayato Ichihara), um robô que se assemelha a um humano; e Mikaru (Aya Ueto), uma humana que parece um robô. O clandestino carregava consigo um chip de memória contendo o mais recente software de camuflagem, o enigmático sistema operacional “Cipher”. Apollo pega o chip Cipher por pura curiosidade, sem saber em que está se metendo. Em seguida, começa a agir de forma estranha, enquanto Mikaru não percebe o que está acontecendo nem que Cipher esteja por trás disso. O que exatamente é Cipher? Que segredos ele guarda? Apolo e Mikaru desvendarão um mistério que atravessa passado, presente e futuro.
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