Para enfrentar os perigos da escassez de recursos e do aumento da poluição, a Organização Científica Internacional (ISO) foi criada para melhorar as condições ambientais ao redor do mundo. Contudo, um grupo criminoso internacional chamado Gallactor tenta dominar o planeta assumindo o controle da ISO. O Gallactor foi criado por um misterioso ser do espaço sideral conhecido como Generalíssimo X, que dá ordens através de seu comandante-chefe na Terra, o mascarado Berg Katse.
Para combater Gallactor e seus robôs monstruosos, o Dr. Nambu da ISO recruta cinco jovens corajosos para formar o esquadrão de combate Gatchaman, os Comandos Científicos. Poderes científicos especiais e trajes inspirados em aves fazem do Esquadrão Gatchaman a principal força contra Gallactor onde quer que ele atue na Terra. Ken (a águia) lidera como um sábio líder, auxiliado por Joe (o Condor), Jun (o Cisne), Jinpei (o Andorinha) e Ryu (o Coruja Coruja). Cada membro possui armas científicas próprias, mas o poder principal de cada um reside na aeronave Phoenix, que pode se transformar em uma flecha ardente capaz de perfurar as ameaças mais maciças. Gatchaman é uma série de ação dinâmica e tensão, onde Ken, Joe, Jun, Jinpei e Ryu permanecem sempre prontos para enfrentar cada nova ameaça enviada pelo Gallactor na tentativa de conquistar o mundo.
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