A Quinta Guerra do Santo Graal continua, e o caos que se seguiu resultou em apostas maiores para todos os participantes. Shirou Emiya segue na luta, sonhando em ser um herói da justiça capaz de salvar a todos. Ele parte em busca da verdade por trás de uma sombra escura misteriosa e sua matança, determinado a derrotá-la.
Enquanto isso, Shinji Matou põe seus próprios planos em ação, ameaçando Shirou através de sua irmã Sakura Matou. Shirou e Rin Toosaka lutam contra Shinji, esperando libertar Sakura dos abusos de seu irmão. Mas a feia verdade sobre os irmãos Matou começa a surgir, e muitos segredos escuros são expostos.
O Filme: Destino/noite de estada - II. Borboleta Perdida continua focando nos Mestres e Servos remanescentes enquanto lutam entre si na esperança de obter o Santo Graal. No entanto, à medida que a escuridão surge em Fuyuki City, até mesmo o estado da guerra sagrada pode estar em perigo.
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