Depois que Myouri Unzen foi derrotado nas mãos de Medaka Kurokami e do Conselho de Estudantes, a paz voltou à Academia Hakoniwa — pelo menos por um curto período. Logo em seguida Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune e Mogana Kikaijima se veem envolvidos em outro esquema sinistro: o Plano Flask, liderado pelo próprio diretor da escola. Entretanto, a primeira tarefa do conselho é lidar com um novo grupo de estudantes sobre-humanos que se autodenominam Thirteen Party, sob a liderança do egoísta mas poderoso Oudo Miyakonojou. Com o enigmático Plano Flask, a tirania de Oudo e o ressurgimento de um velho inimigo, o cenário da Academia Hakoniwa fica longe de ser calmo; Medaka e seus companheiros estão ocupados, pois as coisas só ficam ainda mais anormais.
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