No ano de 2012, o Japão foi invadido pelo Mu. Em 2015 Tóquio é atacada por invasores que são repelidos por uma arma humanóide chamada Dolem.
Durante o caos, Ayato Kamina encontra Reika Mishima, colega de classe. Ainda naquele dia, ele é alvo de oficiais governamentais; então Haruka aparece para salvá‑lo, dizendo que foi enviada pela Organização TERRA e que a cidade estava selada em uma fenda temporal onde o tempo passa a um terço da velocidade do mundo exterior.
Ele foge com Haruka rumo a um trem, reencontrando Reika mais uma vez. Chegando ao quarto de Rah, ele segue até um enorme ovo, de onde emerge o Dolem RahXephon; no topo do aparelho aparece sua mãe cantando, enquanto o Dolem havia parado a invasão da TERRA.
Na batalha, a mãe de Ayato fica ferida e ele escapa de Tóquio Júpiter com Haruka ao ver o sangue azul dela.
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